Le prime bandiere associate alla Lituania sono state registrate nel manoscritto Banderia Prutenorum del 15° secolo, scritto da Jan Długosz. Alla battaglia di Grunwald del 1410, erano presenti due distinti vessilli. La maggior parte dei 40 reggimenti portava una bandiera rossa su cui compariva un cavaliere a cavallo che inseguiva un un immaginario nemico. Questa bandiera, conosciuta come Vytis, sarebbe stata poi usata come bandiera lituana di guerra e successivamente nel 2004 come bandiera di stato. Il resto dei reggimenti invece portava una bandiera rossa con rafficurate le Colonne di Gediminas. Quelli che conducevano il Vytis, conosciuto anche come il Pahonia, erano eserciti dal Granducato di Lituania, mentre coloro che seguivano le insegne di Gediminas provenivano dalle famiglie nobili della Lituania. Fino al termine del diciottesimo secolo, quando venne annesso dall’impero russo, il Granducato di Lituania ed il successivo stato lituano hanno usato il Vytis come loro bandiera ufficiale.
La nascita del tricolore giallo, verde e rosso avvenne durante il periodo in cui altre repubbliche europee stavano modificando le loro bandiere. L’idea del tricoloro nacque dallo spunto della bandiera rossa, bianca e blu adottata dopo la rivoluzione francese. L’unico tricolore esistente in Lituania prima della nascita della bandiera gialla, verde e rossa, era un vessillo verde, bianco e rosso utilizzato per rappresentare la Lituania Minore.
Non si sa chi originalmente abbia suggerito i colori giallo, verde e rosso, ma l’idea viene attribuita solitamente agli esuli lituani che vivevano in Europa o negli Stati Uniti durante il diciannovesimo secolo. Questi tre colori venivano usati frequentemente negli abiti tradizionali del paese. Al Grande Seimas di Vilnius del 1905, questa bandiera venne preferita alla bandiera di Vytis simbolo della nazione lituana. Il Vytis, fortemente sostenuto da Jonas Basanavičius, non venne scelto per tre motivi: il primo si doveva al desiderio del Seimas (il Parlamento lituano) di rafforzare l’identità nazionale prendendo le distanze dal Granducato di Lituania, che inoltre comprendeva allora nazioni ora distinte quali la Bielorussia e l’Ucraina. La seconda ragione era che la scelta del colore rosso li avrebbe allineati ai rivoluzionari che venivano associati alle cause del comunismo o del marxismo. E da ultimo, la bandiera con Vytis sarebbe stata troppo complessa da riprodurre.
I dibattiti sulla questione della bandiera nazionale si ripresentarono nuovamente nel 1917 durante il Congresso di Vilnius. Due colori, il verde e il rosso, vennero scelti basandosi sulla loro presenza nell’arte popolare. L’artista Antanas Žmuidzinavičius decorò l’atrio del Congresso con piccole bandierine rosse e verdi. Tuttavia, i delegati non gradirono la combinazione ritenendola troppo scura e cupa. Fu allora che Tadas Daugirdas suggerì l’aggiunta di una sottile striscia di giallo (per simbolizzare il sole nascente) fra il rosso (nubi illuminate dal sole della mattina) e il verde (campi e foreste). I delegati decisero che la questione avrebbe dovuto essere esaminata da una commissione speciale, composta di Basanavičius, Žmuidzinavičius e Daugirdas. Il 19 aprile del 1918 presentarono il loro protocollo finale al Consiglio di Lituania. La bandiera sarebbe dovuta essere un tricolore (con il giallo nella parte superiore, verde a metà e il rosso nella parte inferiore) con Vytis nell’angolo superiore a sinistra o nel mezzo. Il Consiglio accettò la proposta, ma la Costituzione del 1922 della Lituania non fece alcuna menzione del simbolo. Venne adottata la bandiera nazionale usata ancora oggi. Nessun altro dibattito riuscì nell’intento di imporre una bandiera storica.
Le discussioni sulla bandiera nazionale continuarono; gli oppositori consideravano l’oro un colore inadeguato, dato che la combinazione dei colori giallo, verde e rosso non seguivano le regole vigenti dell’araldica. Tuttavia, nessun cambiamento venne apportato durante il periodo tra le due guerre. Durante la seconda guerra mondiale, la Lituania venne occupata sia dalla Germania Nazista che dall’unione sovietica. Due bandiere furono adottate durante il periodo dell’occupazione sovietica; subito dopo la guerra la bandiera consisteva in un campo rosso con un martello dorato ed una falce con la dicitura SSR in oro sopra essi. Quella bandiera venne poi sostituita nel 1953 dall’ultima bandiera utilizzata dalla Repubblica Socialista Sovietica Lituana – una bandiera rossa, con falce, martello ed una stella al di sopra. Nella parte inferiore della bandiera comparivano una barra orizzontale bianca ed una verde. Nel 1988, quando il movimento indipendentista lituano acquisiva consistenza, il Soviet Supremo Lituano riconobbe nuovamente il tricolore come bandiera nazionale, definendo formalmente i colori l’anno successivo. Dopo indipendenza dall’Unione Sovietica, la bandiera tricolore venne aggiunta nella nuova Costituzione della Lituania adottata tramite referendum nel 1992.