Il lituano ha una flessione complessa. Come in latino, questo rende l’ordine delle parole abbastanza arbitrario nella costruzione della frase.
Esistono cinque declinazioni per i sostantivi e tre per gli aggettivi, ciascuna con sette casi: nominativo, genitivo, dativo, accusativo, strumentale, locativo e vocativo. Altri tre casi (allativo, illativo, adessivo) erano presenti nel lituano antico: i primi due sopravvivono in alcune espressioni idiomatiche e nella lingua parlata, mentre il terzo è caduto del tutto in disuso. Oltre a singolare e plurale è presente il duale, ma è caduto per lo più in disuso.
I verbi appartengono a una di tre coniugazioni e hanno quattro tempi semplici (più otto tempi composti) all’indicativo e uno per congiuntivo e imperativo. La terza persona è unica per il singolare e il plurale. Ogni tempo ha due participi, uno attivo e uno passivo; è inoltre presente l’infinito insieme ad alcune forme simili al gerundio.